C’est en 1736 que deux Frères des Écoles Chrétiennes (institut fondé en 1684 à Reims par Jean-Baptiste de La Salle) s’installent à Bourges sur la paroisse Sainte-Croix à l’angle de la rue Gambon et de la rue des trois pommes.
Leur travail, qui consiste à scolariser les enfants des quartiers populaires, est tellement efficace que la veille de la Révolution, les écoles des Frères accueillent près de 500 élèves !
Elles seront ensuite malmenées par les vicissitudes de l’histoire à travers la Révolution Française (constitution civile du clergé) et la laïcisation des ordres religieux en 1881. Mais ces écoles bénéficient d’une telle notoriété auprès des Berruyers que ces derniers se mobilisent à plusieurs reprises pour maintenir les Frères à Bourges. C’est ainsi que grâce à des dons privés, des immeubles furent successivement achetés rue Saint-Laurent (rue Voltaire), rue Joyeuse (actuel foyer Saint-François), rue Notre-Dame, rue de Dun…
À la fin du XIXe siècle (1896), les Frères s’installent impasse des Jacobins dans un local laissé vacant par l’institution Sainte-Marie. Avec des constructions nouvelles et des modifications du bâtiment principal, les élèves internes y seront admis en 1902. En outre, des ateliers pour le travail du bois et du fer sont installés.
Une nouvelle période de prospérité semble s’instaurer lorsque surviennent les premières mesures anticléricales de 1904. Les Frères doivent quitter l’école le 7 août. Fausse sortie, heureusement. Pendant la première guerre mondiale, l’école est réquisitionnée pour y installer un hôpital. Certains Frères continuent leur enseignement dans un bâtiment rue Galilée avec une moyenne de 100 élèves chaque année.
L’école ne cessera de prospérer entre les deux guerres et les Frères sont particulièrement inspirés en mars 1937 lorsqu’ils acquièrent une propriété de 5 ha, la campagne Saint-Joseph, situé à la sortie de la ville, en haut de la Butte d’Archelet. On connaît la suite …
C’est au frère Hubert (Monsieur André Blavette) que reviendra l’honneur de créer l’école à vocation industrielle de la Butte d’Archelet.
En 1962, une fois la chaufferie terminée, l’école des Jacobins déménage sur le site actuel. En 1974, Monsieur Lambey, un civil, prend en main une école qui marche bien. Une page se tourne en 1977 avec le départ des Frères. Cette même année voit la construction du gymnase et l’arrivée des sections tertiaire de l’école Nazareth (90 élèves supplémentaires). La vente de l’immeuble des Jacobins permettra la construction de l’internat.
Sous la direction de B. Roux (1981-2003), l’école ouvre un CFC (Centre de Formation Continue) en 1989, construit de nouveaux bâtiments (1989), ouvre le Collège (1993), à la suite de la fermeture et du transfert de celui de Saint-Amand-Montrond.
Avec P. Foret, le lycée retrouve une nouvelle dynamique : accueil des E.I.P. (Élève Intellectuellement Précoce), création d’une U.P.I. (Unité Pédagogique d’Intégration), mise en place des T.P.E. (Aide au Travail Personnel de l’Enfant), sensibilisation à la médiation (« génération médiateur »).
En septembre 2006, le site actuel accueille l’école Sainte-Marthe dans des nouveaux locaux.
Aujourd’hui la direction, animée par Virginie Castille et Régis Tridon, chef d’établissement, ainsi que toute l’équipe, poursuivent dans l’esprit issu de l’héritage de Saint Jean-Baptiste de La Salle.